Trong thời gian hoạt động trong ngành Ngoại giao, Thứ trưởng Lê Hoài Trung đã nhận được nhiều phần thưởng cao quý, trong đó có:
Huân chương Lao động Hạng nhì năm 2015 do đã có thành tích xuất sắc trong công tác từ năm 2011-2014, góp phần vào sự nghiệp xây dựng chủ nghĩa xã hội và bảo vệ Tổ quốc.
Huân chương Lao động hạng Ba năm 2010 vì có thành tích xuất sắc trong công tác giai đoạn 2005 – 2009, góp phần vào sự nghiệp xây dựng chủ nghĩa xã hội và bảo vệ Tổ quốc.
Huy chương vì sự nghiệp Ngoại giao Việt Nam (2003) và Huy chương vì sự nghiệp bảo vệ và chăm sóc trẻ em (2001).
Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ các năm 2006, 2007, 2009, 2010, 2011 và 2014.
Bằng khen của Bộ trưởng Ngoại giao năm 2005 và 2009.
Bằng khen của Bộ trưởng Bộ Công an (2009); Bằng khen của Ban chấp hành Tổng liên đoàn Lao động Việt Nam (2009); Bằng khen của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn (2005).
